眞如院は寛文元年（1661年）に観照院日淳上人という方が妙日山妙蓮寺の塔頭（大寺院の敷地内にある小寺院。脇寺）に建てられました。

​戦前は名古屋市中区の旧小川町（CBCテレビの辺り）に妙蓮寺があり、その敷地内に眞如院ともう1ヶ寺の塔頭、本源院がありました。

享保5年（1720年）5月8日、妙蓮寺・総門・本源院は焼失しましたが眞妙院は難を逃れました。（妙蓮寺等はすぐに再建されました。）

しかし昭和20年（1945年）の空襲により3ヶ寺とも全焼しました。戦後区画整理等により小川町には再建できませんでした。眞如院は戦後住所こそ名古屋市瑞穂区の善進寺内に移されましたが、建物自体は再興されないままでした。眞如院の再興は善進寺の先住の長年の悲願でしたが志半ばで亡くなりました。その思いは現善進寺住職に受け継がれ、平成20年（2008年）5月に瑞穂区松栄町に小さいながらも再興いたしました。現在は今のニーズに合ったお寺を目指し模索中です。